自一九九七年起,香港红十字会输血服务中心开始寻求ISO9002质量管理体系认证,以确保本中心能提供高疗效血液制品及高效率服务,媲美世界各地先进国家的水平。中心于一九九九年三月取得成功认证。在血液收集、检测、成份处理、储存及分发流程导入ISO9002质量管理体系,同时亦成为在亚洲太平洋区首间荣获ISO9002:1994证书的血液中心。
在二零零二年,中心完成ISO9001:2000质量管理标准提升版换证工作,再进一步通过澳洲医疗药品管理局(TGA)之「良好生产规范–人类血液及组织」(cGMP)认可审核。同年,中心荣获亚洲医疗机构管理奖的特别奖项[Asian Hospital Management Award (the Special Award category)]。
中心分别于二零零九年二月及二零一八年五月相继通过换证审核,获取ISO9001:2008及ISO9001:2015质量管理体系证书。